Alla morte di Bona Sforza il Ducato di Bari di cui faceva parte Modugno passò sotto il controllo del Re di Spagna e, dopo alterne vicende, divenne feudo dei Grimaldi di Genova.
Gli abitanti di Modugno, volendo riconquistare la propria autonomia, concordarono il riscatto della città dal feudo ma, in ossequio alla legge vigente all’epoca, nominarono un finto feudatario che rappresentasse la comunità presso la Corona spagnola adempiendo al pagamento delle tasse dovute.
Lo stratagemma durò fino al momento in cui, nel XVIII secolo, il regime feudale fu abolito.
L’età moderna però portò con sé una progressiva decadenza demografica, collegata sia alle pestilenze ormai endemiche nel territorio sia al declino della prosperità economica del periodo rinascimentale. Il peso di una fiscalità esosa portò addirittura nel 1666 al fallimento della comunità modugnese.
Nel XVIII secolo l’abitato ebbe comunque una nuova espansione edilizia all’interno della cinta muraria, anche se risulta l’esistenza di un “borgo diruto” abbandonato e deserto.
Nel 1821 le mura, ormai fatiscenti, furono abbattute e la città iniziò la sua espansione nel territorio circostante.