La conoscenza della storia di Modugno deve molto alle importanti fonti documentarie disponibili, provenienti sia da archivi ecclesiastici – particolarmente importante a questi fini l’Archivio capitolare parrocchiale di Maria SS. Annunziata di Modugno che annovera 47 pergamene databili tra il 1411 e il 1847 – che pubblici.
L’Archivio di Stato di Bari conserva, tra gli altri fondi, le cosiddette “Pergamene Faenza”, un corpus costituito da sette pergamene databili tra il XV e il XIX secolo e un fascicolo cartaceo del XVIII secolo, relativo soprattutto a rogiti notarili di vario tipo stipulati per lo più a Modugno, dove risiedevano i Faenza, nobile famiglia del patriziato tranese presente a Modugno a partire dal XV secolo.
L’Archivio di Stato di Bari conserva anche nella Sezione diplomatica (insieme dei documenti scritti su pergamena) altri documenti relativi a Modugno, tra cui un frammento di pergamena del XII secolo riutilizzata come copertina del volume 1526-1529 da Monte Stefano, notaio in Modugno.
Altre fonti documentarie disponibili sono quelle dell’Archivio Storico del Comune di Modugno, che annovera documenti databili dal 1759 al 1947, per lo più riferibili allo Stato Civile e alle Istituzioni pubbliche di assistenza e beneficenza.